Эванджелин Лилли родилась в Форт-Саскачеване, провинция Альберта, Канада в семье сильно верующих христиан. И всё своё детство она провела без телевизора. Её отец является преподавателем экономики, а её мать косметический консультант. Также у Эванджелин есть две младшие сестры.

Перед тем, как покинуть город Форт-Саскачеван в возрасте десяти лет, Эванджелин успела поменять три школы. С 14 лет она была волонтером в организациях, помогающих детям; в 18 отправилась в филиппинские джунгли в составе миссионерской группы, жила там в травяной хижине, побывала в четырнадцати странах мира. Лилли — бывшая стюардесса компании «Air Canada», и вследствие этого очень хорошо владеет французским языком.

Как модель ее открыло знаменитое модельное агентство «Форд», менеджер которого увидел Эванджелин Лилли на улице города Келовна в Британской Колумбии. Она подписала контракт с агентством и переехала в Ванкувер, где выступала на показах мод, зарабатывая деньги на оплату учебы на факультете международных отношений в университете Британской Колумбии.

Увлекается катанием на коньках, каноэ, сноубордом и скалолазанием. Занимается благотворительностью, часть своих гонораров переводит на счета благотворительных фондов.